Mengacu pasal 12 ayat 1 dari Permentan tersebut, penyalur lini IV atau para pengecer yang ditunjuk wajib menjual pupuk bersubsidi kepada petani, petambak, dan atau kelompok tani sesuai HET yang sudah ditetapkan Kementan tersebut. HET tersebut berlaku untuk pupuk bersubsidi dalam kemasan 50 kg untuk pupuk urea, SP-36, ZA, dan NPK, serta kemasan 40 kg untuk pupuk organik.
Dalam surat tersebut dinyatakan, guna meminimalkan penyelewengan pupuk bersubsidi, kemasan pupuk bersubsidi tersebut diberi label tambahan berwarna merah, yang mudah dibaca dan tidak mudah hilang atau terhapus dengan bertuliskan 'pupuk bersubsidi pemerintah dan barang dalam pengawasan'. Khusus penyediaan dan penyaluran pupuk urea bersubsidi berwarna merah muda (pink) dan pupuk ZA bersubsidi berwarna jingga (oranye).
Pada 2016, pemerintah mengalokasikan pupuk bersubsidi sebanyak 9,55 juta ton. Rinciannya, pupuk urea 4,1 juta ton, pupuk SP-36 850 ribu ton, pupuk ZA 1,05 juta ton, pupuk NPK 2,55 juta ton, dan pupuk organik 1 juta ton.
